El uso de los manantiales de aguas termales de Cuntis se remonta a la época romana. El hecho de que los romanos conocieran el poder de las aguas de Cuntis parece probado por el hecho de haberse encontrado numerosas monedas con las imágenes de los emperadores Nerón y César Augusto en el lecho de las fuentes.
En 1765, D. Pedro Gómez de Bedoya, describe en su “Historia Universal de las Fuentes Minerales de España” las Caldas de Cuntis, que afirma haber visitado personalmente. Dice de ellos que:
“…los pobladores de esta Villa no dan noticia, de que esta agua tuviese antiguamente uso alguno, aunque yo creo que no dejaría de ser frecuentada por sus muchas virtudes, y porque el Baño denota no ser fabrica moderna; ni menos saben, que se hayan hecho pruebas, o Análisis de ella, y solo yo, habiendo metido en ella una moneda de Plata, observè, que la volvió de color de Cobre, un poco mas oscuro…”
El Baño al que se refiere Bedoya es el origen del actual Hotel Balneario de la Virgen. A continuación añade
“…Fueron muchas las curaciones de que me informaron este Bañero, y los sugetos mas distinguidos de la Villa, y las que yo vi en el tiempo, que estuve en ella; pero apuntare solo las mas principales. Joseph Roma, Herrero, y vecino de S. Pedro de Lantaño, distante una legua de Caldas de Cuntis, llegó al Baño el año de 1760, impedido de todos los extremos por un Rheumatismo doloroso antiguo, y para el que havia practicado quantas diligencias y medicinas pudo adquirir, hasta llegar a apurar el saber de los Medicos: tomole ocho dias y recupero enteramente su salud …”
En 1832 el entonces Director Médico D. Manuel Jacobo Fernández Mariño se refiere a la utilización de un baño de chorro y otro de estufa en la casa de Baños de Santa María (baños de la Virgen).
D. Pedro M. Rubio, en 1853 señala que la media de enfermos que acuden a tomar estas aguas se aproxima a 1.000. Isidoro Ortega realiza, en 1865 una memoria de los baños de Cuntis, refiriéndose a la casa de Baños del Sr. Castro, “…forrada con azulejos de Valencia, además de una sala de esparcimiento y distracciones con periódicos y juegos lícitos…”. Actualmente, este establecimiento es conocido como Balneario del Castro.
En 1881 se realiza una importante obra en el Balneario de La Virgen, incorporándose bañeras de mármol individuales (algunas todavía en uso hoy en día), pilas colectivas, chorros y aparatos de hidroterapia. En 1908 se amplían las instalaciones con un edificio anexo al primitivo. El comedor y salón actuales del Hotel pertenecen a este edificio.
En los años 1944 y 1969 se realizan sucesivas ampliaciones del Hotel, hasta llegar a una dimensión de 180 plazas.
En 1998 se construye, en los terrenos que ocupaba la casa de baños denominada del Barreiro, un nuevo edificio, íntegramente dedicado a la balneoterapia, destinándose el antiguo (al que está unido por un túnel) únicamente a hotel.
